Dopo il martirio di padre Giuseppe Puglisi, il parroco del quartiere palermitano di Brancaccio assassinato dai sicari di Cosa nostra il 15 settembre del ‘93, una gran parte della Chiesa siciliana si è interrogata, avviando un percorso di autocritica.
Come spiegare, infatti, la persistenza del fenomeno mafioso in una regione che si dice, per la quasi totalità dei suoi abitanti, cattolica? Cosa è stato per tanti anni il paradosso di un partito - la DC - al tempo stesso cattolico e fortemente inquinato da Cosa nostra?
Dopo una prolungata fase di silenzio, la Chiesa siciliana ha vissuto il momento della denuncia. 
Don Giuseppe Puglisi inaugura un diverso modo di affrontare il problema: invita i mafiosi al dialogo e alla conversione e, indirettamente, si fa autore di un disegno organico di pastorale che possa raggiungere tale obiettivo.
E’ questa la strada che la comunità ecclesiale decide di seguire, almeno nelle dichiarazioni di principio, per rispondere ai ripetuti appelli che vengono da più parti per una maggiore ed originale presenza nei confronti dell’allarmante fenomeno mafioso. 
E’, soprattutto, la risposta che la Chiesa siciliana si sente di dare alle “provocazioni” rappresentate dalle indagini della magistratura che in questi anni hanno a diverso titolo lambito o direttamente colpito alcuni suoi uomini. 
Nonostante le numerose resistenze, il cardinale Salvatore De Giorgi ha affidato a cinque “saggi” il compito di stilare una bozza di pastorale per i mafiosi. E non è solo un decalogo per i sacerdoti, ma una vera e propria presa d’atto degli errori commessi nel passato, con l’indicazione di una strada nuova da seguire. 
Il dibattito è avviato. Alla ricerca della conversione dei mafiosi, la Chiesa siciliana propone adesso un “discorso proprio”, diverso dalle parole del “discorso socio-politico o politico o anche etico-civile”, come spiega Cataldo Naro, preside della Facoltà teologica di Sicilia, uno dei più illuminati teorici di questo “nuovo corso”. “Non si tratta - dice - di piegare il Vangelo ad una funzione etico-civile di supporto formativo di diffusi atteggiamenti antimafia ma piuttosto di riaffermare l’assoluta incompatibilità tra professione di fede cristiana e comportamento mafioso e quindi, di esprimere nella semplice e ordinaria quotidianità di vita delle comunità ecclesiali il rifiuto della prassi e della mentalità mafiosa per fedeltà al Vangelo e secondo modalità ispirate al Vangelo, oltre che per coscienza civile e secondo forme comuni dell’impegno civile”. 
La Chiesa siciliana, dunque, rivendica un suolo ruolo autonomo nel percorso di liberazione dalla mafia. 
Sebbene non manchino le polemiche su questo cammino. Resta, ad esempio, da capire come si sia potuta conciliare con questo 'nuovo corso', la decisione della Curia di Palermo di non costituirsi parte civile nel processo per l’omicidio del parroco di Brancaccio, che pure vedeva molti giovani della comunità di padre Puglisi testimoniare in un’aula di giustizia.